遺伝学では、単に系統の異なる個体間の交雑によるものを雑種という。両親が対立形質を持つ純系の場合、雑種には両親のどちらかの性質が現れるが、現れる方のことを優性遺伝子といい、現れなかった方のことを劣性遺伝子というが、まれに対立遺伝子の活性の和が現れて中間を示すこともある。このことを、中間雑種という。
より一般に使う場合、確立された形質の異なる系統間の交雑によって生まれた個体の事。具体的には、種間であったり、品種間であったりする。犬の異なった品種の間の子であるとか、ラン科の種間の交雑によるものなど。使い方としては特に区別はないが、内容的には大きく異なる。
イヌの異なる品種間の交配を人工的に行う場合である。元来は一つの「イヌ」であったものを、人間が品種改良の結果、品種を区分しているだけなので、異なる品種間の交配は可能である。子供が生まれれば、大抵は両者の中間的な、あるいは両者の特徴の混じった「雑種」の子ができる。また、品種を特定できないようなただのイヌのことを「雑種」と言うこともある。このような雑種には商品としての価値があまり認められないので、品種を維持するために雑種を作らせない努力が必要となる。ドックショーで雑種を出すショーは多くない。
ただし、雑種から新たな品種が選ばれる場合もある。また、新たな品種を作出するために、あえて雑種を作る場合もある。ブルテリアなどはその経緯が名に残されたものである。
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雑種は、一般的に健康で良く育つと言われる。人間の品種改良によって野生ではとても生きられないような体になってしまった品種に比べ、雑種の方が本来の「イヌ」として生きていくのに適した体や抵抗力など持ち合わせることが多いからである。これは雑種強勢と言われる。理由としては、品種改良の段階で近親交配が行われることが多いので、品種間で交配するのは、血縁の遠いものと交配することになり、劣性形質が出にくくなる、等の理由が考えられる。
雑種という呼び方はイメージが悪いため、「ミックス」と呼ぶことが多くなっている。
分類学で種の分類でもっとも基本的と見なされているのは、交雑によって妊性のある子ができるかどうかを基準とする生物学的種概念である。したがって定義上、雑種を形成する二種は別種ではないのだが、記載されている生物種の多くは実際には形態や生態的特徴で分類されている。このような形態的種、生態的種の間の交配によって生まれた個体のことを雑種という。これには自然に生まれるものと、人為的なものがある。
野外の場合、雑種個体が見つかることはごく少ないのが普通である。生物の種は近縁なものがごく近いところに生息することは珍しくないが、それらの間で生殖的隔離が成立していない場合は二種に分かれず、融合するはずである。
しかし実際には、雑種が見られる場合もある。例えばセグロカモメのような輪状種の地域個体群やダーウィンフィンチ類が雑種を形成していることで有名である。そしてこれらは種とすべきか、別種とすべきかの議論を引き起こしている。
しかし、不稔性の雑種が生まれている例はそれ以上に多い。植物では雑種の可能性が考えられた場合は種子の様子を観察し、不完全なものが多い場合は雑種であるという判断をすることがある。むしろ不稔の雑種の存在は、生殖的隔離が確立している証拠とも言える。雑種が発生する種間はある程度限られているから、それによって生じる雑種にも学名が与えられ、種小名の頭に×を着けて示す。
なお、これらは自然な分布の下でのことであり、例えば人為的に移植が行われた場合、帰化種の場合にはたやすく雑種が生じる場合もある。たとえばタイワンザルが日本に持ち込まれ、ニホンザルとの間に雑種を形成しており、さらにその雑種との交配も確認されている。それらの雑種はほぼ両者の中間的な形質を持っている。このことから、両者を別種としていることに対する疑問を呈する向きもあるが、別種と見なす判断は、元来は地理的に隔離されており、生殖隔離が完全に近く、その上で形態的な差異があることに基づいている。人為的な移植がなければ別種との判断が揺らぐことはなかったと思われる。
一般に野外で雑種が少ないのは、生殖的隔離が成立している生物集団同士がまとまって別種、あるいは亜種を形成し生息しているからであるが、人為的に交配させた場合、この限りではない。しかし実際に野生種間で雑種を作ろうとしてもうまくいかない場合が多い。これは、生殖的隔離が生理的な面で行われる場合があることと共に、そもそも遺伝子が異なっている以上、その発現等において不具合が生じやすいためでであろう。
種間では交配が行われにくく、交配させても子供ができることは少なく、できたとしても、その子には生殖能力がない場合が多い。雑種に生殖能力があるかどうかは、その両親が同種であるかどうかの判断基準の一つとなる。雄ロバと雌ウマの雑種であるラバは繁殖能力がないが、洋ランのカトレヤに見られるように、ラン科では種間どころか属間でも雑種ができる例が多々ある。ほ乳類の雑種では、往々に両親の名を前後つなぎ合わせた名を与えられる。